教員と教育組織を分離し、時代の要請に合わせて臨機応変に教育を構築できる体制を整えました。教育は、生命科学研究部、医学部附属病院、エイズ学研究センター、発生医学研究センター、生命資源研究・支援センター、保健センターならびに学外連携研究組織の82の研究・診療分野の教員が担当します。この組織のもとで、「研究者・教育者の育成」（平成16～19年度）に主体を置いた教育を実施しました。

21世紀COEプログラム「細胞系譜制御研究教育ユニットの構築」（平成14～18年度）、グローバルCOEプログラム「細胞系譜制御研究の国際的人材育成ユニット」（平成19～23年度）の支援を受けて、発生医学教育における学生の自主性や国際性を伸ばし、複数の分野の教員が指導にあたる教育体制を整えました。

「熊本大学臨床医学疫学機関連携事業」（平成17～21年度）の支援を受けて、感染症教育に関わる学生の学会活動や英語教育による国際性を強化しました。

エイズ制圧をめざした研究者養成プログラム「魅力ある大学院教育　イニシアティブ」（平成18～19年度）の支援を受けて、エイズ研究に特化した国際的な大学院教育体制を構築しました。

「九州がんプロフェッショナル養成プラン」（平成19～23年度）の支援を受けて、がん専門博士の教育システムを構築しました。

本学の重点領域研究Ａ3件、及びＢ3件の支援を受けて、発生医学、エイズ、疾患モデル動物、代謝・循環病、プロテオミクス及び環境医学に関する大学院教育を充実させました。

「高度医療人の育成」（平成20年度）を第二の目的として、博士課程の4つの専攻系を「医学専攻」の単一専攻に改組し、上記のユニークな教育コースやプログラムをもつ新カリキュラムを施行し、国際的に質の高い大学院教育を実現しました。また国費留学生の優先配置ならびに社会人の再チャレンジの支援を受け、また長期履修制度を導入して、留学生、社会人及び女性の学生の就学環境を整備しました。