本大学院は、国立病院機構・熊本医療センター、国立国際医療センター、国立水俣病総合研究センター、国立感染症研究所、国立循環器病研究センター、国立がん研究センターならびに医薬品医療機器総合機構（PMDA）と連携講座を締結し、各組織から教員を迎えて大学院教育の質の向上と最先端の研究体制を実現しています。 また、国内の大学との学生交流に関する協定を締結しており、学生は協定を締結している大学院で授業科目の履修や研究指導を受けることができます。
