| 宝暦 |
6年（1756年） |
肥後藩主細川重賢、医学寮を創設して再春館と称した |
| 明治 |
4年（1871年） |
廃藩置県により官立医学所兼病院（通称古城医学校）と改称 |
| 21年（1888年） |
勅令により全国の県立医学校が廃止 |
| 29年（1896年） |
県の補助を受け、私立熊本医学校を創設 |
| 大正 |
11年（1922年） |
熊本県立熊本医科大学となる |
| 昭和 |
4年（1929年） |
官立熊本医科大学に移管される |
| 14年（1939年） |
附属医学専門部及び附属体質医学研究所を設置 |
| 24年（1949年） |
熊本大学医学部及び附属病院となる |
| 30年（1955年） |
熊本大学大学院医学研究科を設置 |
| 41年（1966年） |
附属中毒研究施設を設置 |
| 48年（1973年） |
附属免疫医学研究施設を設置 |
| 51年（1976年） |
肥後医育記念館寄贈される |
| 56年（1981年） |
附属動物実験施設を設置 |
| 57年（1982年） |
中毒研究施設と免疫研究施設を統合し免疫医学研究施設を改組 |
| 59年（1984年） |
体質医学研究所を廃止し、附属遺伝医学研究施設を設置 |
| 63年（1988年） |
福利施設楷樹会会館竣工 |
| 平成 |
4年（1992年） |
免疫医学研施設及び遺伝医学研究施設を廃止し、遺伝発生医学研究施設及び大学院医学研究科脳・免疫統合科学系を設置 |
| 9年（1997年） |
熊本大学エイズ学研究センターを設置 |
| 10年（1998年） |
再開発により基礎医学研究棟竣工 |
| 附属動物実験施設を廃止し、熊本大学動物資源開発研究センターを設置 |
| 12年（2000年） |
附属遺伝医学研究施設を廃止し、熊本大学発生医学研究センターを設置 |
| 14年（2002年） |
医学研究科医科学専攻（修士課程）を設置 |
| 附属病院西病棟竣工 |
| 15年（2003年） |
共同実験棟竣工 |
| 動物資源開発研究センター、アイソトープ総合センター、RI研究施設、機器分析センターおよび遺伝子実験施設を統合して生命資源研究・支援センターを設置 |
| 大学院医学研究科を廃止し、熊本大学医学薬学研究部及び医学教育部を設置 |
| 医学部保健学科設置 |
| 16年（2004年） |
設置者が国から国立大学法人へ変更 |
| 20年（2008年） |
医学教育部(博士課程)生体医科学専攻、病態制御学専攻、臨床医科学専攻、環境社会医学専攻を医学専攻に改組
|
| 保健学教育部(修士課程)保健学専攻設置 |
| 21年（2009年） |
発生医学研究センターを発生医学研究所に改組 |
| 22年（2010年） |
医学薬学研究部を生命科学研究部に改組 |
| 保健学教育部(博士後期課程)保健学専攻設置 |
| 生命科学研究部附属臨床医学教育研究センター設置 |
| 24年（2012年） |
発生医学研究所附属臓器再建研究センター設置 |
| 25年（2013年） |
生命科学研究部附属臨床研究支援センター設置 |
| 28年（2016年） |
生命科学研究部総合医薬科学部門に代謝・循環医学講座を、先端生命医療科学部門にがん医学講座を設置 |
| 生命科学研究部附属臨床研究支援センター廃止 |
| 30年（2018年） |
生命科学研究部附属健康長寿代謝制御研究センター設置 |
